Entre los principales valores naturales que motivaron la protección, cabe destacar sus formas de modelado glaciar, como valles glaciares y los ibones (Ibón de Estanés, Ibón de Acherito), al igual que los importantes fenómenos kársticos existentes. Destaca por las importantes y bien conservadas masas forestales: hayedos, pinares, abetales, pastizales y zonas de alta montaña. Alberga además una gran diversidad de flora y fauna, propia de los pisos bioclimáticos de alta montaña, con aparición de endemismos y especies en peligro de extinción, algunas únicas en el Pirineo. En cuanto a la fauna destacan el oso pardo, el quebrantahuesos, el buitre leonado,el milano real, el aguilucho pálido o el pico dorsiblanco; la nutria, la rana pirenaica e insectos protegidos y varias plantas endémicas.